Gracias Antonio.
Me tranquiliza saber que es para que interactúe con Sharepoint porque entonces estoy tranquilo al saber que no me hace falta.
De todos modos las dos soluciones que me propones ya las he probado y no me han funcionado.
La primera, hacer lo que dice el script en mi caso es ejecutar el siguiente comando:
C: \Alfresco\java/bin/java -jar C:/Alfresco/bin/alfresco-mmt.jar install C:/Alfresco/amps C:/Alfresco/tomcat/webapps/alfresco.war
Y el resultado es el mismo error que da la instalación.
Sin embargo vi que para el comando install podía ponerle la opción -preview que permite ver los cambios que va a realizar el el war pero sin aplicarlos.
El comando quedaría:
C: \Alfresco\java/bin/java -jar C:/Alfresco/bin/alfresco-mmt.jar install C:/Alfresco/amps C:/Alfresco/tomcat/webapps/alfresco.war -preview
Como resultado este comando muestra todas las modificaciones que haría sobre el war. Sin errores.
Y la segunda solución, copiar el war de una máquia a la otra me daba una serie de errores que ni copié ni recuerdo, no ví el log, los errores me los daba al intentar entrar.
Y esta es la parte que me intranquiliza, si tuviera que aplicar alguna ampliación no se como me las arreglaría.