Hola:
En mi opinión, creo que la clave es identificar cuanto de jerárquico tiene tu actual modelo entidad-relación, si bien alfresco se va a adaptar mejor a ese modelo jerárquico. Durante muchos años nos hemos acostumbrado a utilizar un modelo relacional para absolutamente todo, y en general no tiene porque ser lo mas conveniente. Si analizas y evaluas que ese modelo es puramente relacional, pues igual no es lo más indicado. En ese caso, siempre puedes utilizar una combinación de base de datos + alfresco, utilizando alfresco únicamente como repositorio contenedor, donde se vayan albergar los documentos, por ejemplo en una aplicación donde se guarde muchos documentos, p. ej. a partir de 10 Gb. Por otro lado, a través de cmis vas a poder realizar consultas con un pseudo-lenguaje sql, ya precisamente el cmis constituye el "sql estandar" de los repositorios documentales modernos. Eso si, en cuanto al rendimiento no me voy a mojar mucho, y va a depender claramente de tu modelo actual y de lo que le pides actualmente.
Un saludo.
–C.