Ciao,
dunque: innanzitutto devi accedere alle cartelle partendo dal repository. Questo perchè le impostazioni avanzate sui permessi sono visibili solo accedendo da lì.
Supponiamo che tu abbia nella document Library del tuo sito una cartella di nome "Uffici" con due sottocartelle: "Commerciale" e "Tecnico".
Poi hai due gruppi di nome (guarda caso) "Commerciali" e "Tecnici".
Da share accedi al menu "Gestisci permessi" relativo alla cartella "Commerciale" (meglio se sei amministratore) e disabilita "eredita permessi" in alto a destra. Seleziona poi (sempre in alto a destra) "aggiungi nuovo gruppo" e scegli commerciali attribuendo il ruolo opportuno.
Fai la stessa cosa per la cartella "Tecnico" ma stavolta inserendo il solo gruppo "Tecnici".
Ora se provi a loggarti come un tecnico sotto la cartella "Uffici" dovresti vedere solo la cartella "Tecnico", viceversa i commerciali vedono solo la cartella "Commerciale"
PS: potrebbe essere una buona idea aggiungere alle cartelle di sopra anche il gruppo Administrator. In questo modo gli amministratori del siti vedono tutte le cartelle.
PS 2: Con questo meccanismo puoi anche ottenere anche altri risultati più raffinati… per esempio il gruppo tecnici potrebbe accedere anche alla cartella "Commerciale" ma in sola lettura.