Buenas.
Lo más sencillo: Si tenéis copia de seguridad, restaurad.
Sino, lo que yo haría: Si aun conservas el directorio alf_data y la base de datos, puedes realizar una instalación limpia de la misma versión de alfresco y en el alfresco-global.properties apuntar a ese directorio y base de datos. En teoria si no están corruptos, debería funcionar.
Si esta opción no funciona y efectivamente alguno de los factores (alf_data o base de datos) está corrupto, intentaría identificar dónde está el problema de ellos dos. Pero esto requiere mucho más trabajo de alguien con experiencia en Alfresco para "limpiarlo" (además que no te podría garantizar que se recupere).
Prueba lo primero que te comento y si no funciona, vemos cómo ayudarte.
Cris.