Hola
Al final he modificado la instrucción para ejecutar el import y ya me ha funcionado, parece que no hace mucho caso del -uuidBinding pero si hay algun documento o carpeta con uuid repetido me peta, que es lo que queria.
La instrucción es la siguiente:
java -classpath lib/*:../../../shared/classes:../../../lib/* org.alfresco.tools.Import -user annexaEns1 -pwd semic6 -s workspace://SpacesStore -verbose -p /app:company_home/st:sites/cm:swsdp4/cm:documentLibrary -encoding UTF-8 -uuidBinding CREATE_NEW ACPexport.acp
yo ejecuto esta instrucción desde:
/opt/alfresco-community/tomcat/webapps/alfresco/WEB-INF
De esta forma me ha funcionado, muchas gracias por todo.