Hola Adrian,
En mi caso pasa igual, creo que es el comportamiento habitual de Alfresco, por ello hemos realizado la autenticacion por el username.
El problema creo que viene porque al valida contra el AD, ve que no existe PEPITO como usuario de Alfresco y lo crea de neuvo.
En nuestro caso pasa lo mismo con las tildes:
Pedro Jimenez es mi usuario, si entro como Pedro Jiménez me creaba un usuario nuevo tal que Pedro Jiménez.
No se si esto te solucionaria el error:
authentication-services-context.xml
Para que Alfresco no nos permita el acceso a menos que introduzcamos nuestro nombre de usuario tal y como está en nuestro Ldap o AD buscamos la propiedad "processDuplicates" y la ponemos en false.
<property name="processDuplicates">
<value>false</value>
</property>
Saludos