Buenas,
El java que has obtenido con el java decompiler, te lo llevas al eclipse, y lo compilas ahí. Para que puedas compilarlo necesitarás añadirle las librerias de alfresco al classpath de eclipse.
Una vez compilado, eso te genera un .class en la carpeta build de tu workspace de eclipse.
Y ya, lo unico que tienes q hacer es abrir el .jar con el winrar o winzip, navegar por los paquetes hasta llegar al "antiguo" class, y machacarlo con el nuevo que tu acabas de obtener, puedes arrastrar y soltar un class sobre otro. El propio winrar te dira si lo quieres machacar, dices que si, y que si lo quieres comprimir, dices que no, y listo.
Saludos.
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