oi Roberto,
O Alfresco permite várias soluções, tanto criação de uma nova interface, como outras aplicações consumindo o conteúdo do alfresco ou customização da interface padrão.
A melhor solução depende da sua necessidade. A interface do Alfresco Share já é simples e amigável até para os usuários menos acostumados.
Se você for usar o Alfresco como um Gerenciador de Documentos ou ECM, para usar as funcionalidades que já vem nele com algumas alterações, e mais fácil usar a interface que já vem padrão e alterar as funcionalidades ou a camada de apresentação, que no caso do Share é desenvolvida em Surf. Por ser open source e ter o sdk disponível, a customização é feita estendendo as funcionalidades ou criando novas funcionalidades de forma fácil.
Se você tem necessidade de ter outras aplicações acessando o conteúdo do repositório do alfresco, isso tbm pode ser feito, através de webscripts, CMIS ou de outras formas.
Se você quiser usar o Alfresco somenter como repositório e desenvolver outras interfaces fazendo o acesso a ele, também pode ser feito. Pode ser desenvolvida uma nova aplicação em flex, .Net, outras tecnologias web.
Como falei, a solução depende da sua necessidade e também do custo de cada solução.