Gracias por responder, aunque no he sabido arreglarlo… Al final he tenido que usar un pequeño "truco", "chapuza", llamalo x.
He metido todos los .class que habia creado en la libreria iText-2.1.5.jar que sirve para hacer .pdf. No viene con el Alfresco pero cuando la metes en lacarpeta lib, este la lee sin problemas. Asi que cuando he arrancado el Alfresco, ha leido el jar del iText… con mis class incluidos.
Despues he hecho una copia del jar de iText y la he renombrado. He borrado mis .class del iText original y los .class del iText de la copia, he arrancado el Alfresco… y me ha leido los dos jar sin problemas.
Moraleja: por que antes no me leia el jar? ni idea, y eso que también tenia dentro la carpeta del META-INF, pero si "constuyes" tu jar a partir de otro existente pues si que le da por leertelo. En fin.
Siguiente paso:conseguir que me leea los .amp que mi apply_amps.bat se niega a hacerlo. Empiezo a pensar que es algo personal.