Ciao,
eviterei (ma nel tuo post non li hai citati quindi forse li avevi già esclusi) i webservice SOAP.
CMIS e REST mi sembrano due ottimi modi, ciascuno con i propri pregi e difetti.
Secondo la mia esperienza:
Se devi caricare molti file (magari anche pesanti) io preferirei utilizzare REST, sia con la API standard oppure se necessario scrivendo dei Webscript ad-hoc.
REST/WebScript è la strada da percorrere anche se hai la necessità di utilizzare delle "feature" avanzate peculiari di Alfresco (mi vengono in mente i workflow ma vale per anche per altro), in quanto CMIS potrebbe non supportarli.
CMIS ha come vantaggio di essere uno standard non legato ad un ECM specifico nè ad un linguaggio di programmazione.
Le librerie Apache chemistry offrono strumenti più ad altro livello che potrebbero facilitarti la vita nelle interazioni con il repository.
Otretutto con l'introduzione del Browser-Binding, disponibile negli alfresco più recenti che implementano le specifiche CMIS 1.1, la comunicazione dei dati è diventato molto più snella dato che viene utilizzato json invece che l'xml come formato per lo scambio dei dati.
Se qualcun altro vuole aggiungere la sua esperienza è il benvenuto!